Sohn des Gastwirts Jan Amerling (geb. 1775) und dessen zweiter Frau Anna Amerling, geb. Jelínková (geb. 1783), verheiratet mit Františka Svatava, geb. Michalovicová (1812–1887). – Nach Besuch des Gymnasiums studierte A. 1826–28 Philosophie an der Universität Wien. Zunächst dachte er an eine Priesterlaufbahn, interessierte sich aber auch für die Naturwissenschaften und studierte ab 1829 schließlich Medizin an der Universität Prag; 1836 Dr. med. Ab 1834 war er Assistent von →Jan Svatopluk Presl, der ihn nicht nur fachlich beeinflusste, sondern auch für die Popularisierung der Wissenschaft in tschechischer Sprache gewinnen konnte. A.s 1837 gegründete Gruppe von Patrioten zur Herausgabe naturwissenschaftlicher Literatur scheiterte allerdings trotz der Unterstützung namhafter tschechischer Persönlichkeiten. Zu dieser Zeit hielt er auch im Rahmen des Vereins zur Ermunterung des Gewerbsgeistes in Böhmen (Jednota pro povzbuzení prumyslu v Cechách) Vorträge für Handwerker über Chemie, Mechanik, Physik und Naturgeschichte. 1838 wurde A. als Sammlungsverwalter und Sekretär von →Kaspar Gf. von Sternberg angestellt. Krankheitsbedingt musste er die Stelle bald wieder aufgeben und unternahm eine Reise durch die Schweiz, das heutige Österreich sowie an die adriatische und die agäische Küste. Nach Prag zurückgekehrt, eröffnete er 1840 eine Arztpraxis. 1844 hielt er ein Semester lang außerordentliche Vorlesungen für Frauen in Chemie, Physik, Diätetik, Gesundheitspflege und Kindererziehung an der medizinischen Fakultät der Universität. Großes Interesse zeigte er für die Pädagogik: Ziel seiner vielseitigen Aktivitäten war es, die Bildung der tschechischen Lehrerschaft zu fördern. Ab Ende der 1830er-Jahre bemühte er sich, beeinflusst von Jan Ámos Komenskýs Ideen, um die Errichtung einer pansophischen Lehranstalt, die er Budec nannte und die allgemeine Bildung mit Fachwissen verbinden sollte. Unterstützt auch vom einflussreichen Adel, begann A. 1842 großzügig zu bauen. Der Schule angegliedert war ein Mädcheninstitut, das zunächst von der Schriftstellerin und Frauenrechtlerin Bohuslava Celakovská-Rajská, später von Františka Svatava, die zu den wichtigen Philanthropen und Propagandisten der Frauenbildung zählte, geleitet wurde. 1847 scheiterte das Projekt an finanziellen Schwierigkeiten. Im Juli 1848 wurde A. wegen Verdachts der Vorbereitung einer geheimen Verschwörung drei Wochen inhaftiert. Obwohl freigesprochen, verlor er jede Unterstützung des Adels. 1848–68 wirkte er als Direktor der tschechischen Hauptschule in Prag, die sich später zu einer beispielhaften Lehrerbildungsanstalt entwickelte und ebenfalls den Namen Budec trug. 1848 veröffentlichte A. einen Vorschlag zur Reform des Schulwesens, 1848–51 gab er die pädagogische Zeitschrift „Posel z Budce“ heraus. Ab 1871 führte er das Ernestinum, ein Erziehungs- und Pflegeinstitut für geistig zurückgebliebene Kinder, das erste seiner Art in Europa. Die Einrichtung bemühte sich, die Zöglinge mittels geeigneter Heil-, Erziehungs- und Arbeitsmethoden allmählich in die Arbeitswelt einzugliedern. Daneben beschäftigte sich A. mit Philosophie sowie mit Naturwissenschaften und veröffentlichte seine Forschungen, v. a. über Insekten, Naturprodukte und Giftpflanzen vornehmlich in Böhmen, in deutscher Sprache ab den 1850er-Jahren u. a. in der Zeitschrift „Lotos“. 1868 fasste er sie in dem Band „Gesammelte Aufsätze aus dem Gebiete der Naturökonomie und Physiokratie“ zusammen. In der Philosophie knüpfte er an Komenský, Leibniz, Schelling, Hegel, Herbart sowie Lorenz Oken an. Im höheren Alter beschäftigten ihn theologische Fragen, die in seinem umfangreichen Werk „Der Gott des Christenthums als Gegenstand strengwissenschaftlicher Forschung“, 1880, unter dem Pseudonym Justus Rei erschienen. A. trat – allerdings erfolglos – für eine eigene tschechische Terminologie, Neologismen, ein, mit denen er fremdsprachige Begriffe ersetzen wollte. Ab 1838 war er Mitglied der königlich böhmischen Gesellschaft der Wissenschaften, ab 1868 der Leopold-Karls-Akademie für Naturwissenschaften in Dresden sowie Ehrenmitglied des Vereins tschechischer Ärzte.